Il Consiglio della Comunità Montana Alta Irpinia è l'organo di indirizzo e controllo politico-amministrativo dell'ente.
È composto dai rappresentanti dei comuni membri e ha il compito di pianificare e coordinare le attività volte allo sviluppo socio-economico dell'area montana.
Tra le sue funzioni principali rientrano la promozione di iniziative per la valorizzazione del territorio, la tutela dell'ambiente e il miglioramento dei servizi per la popolazione locale.
Il Consiglio elegge il Presidente della Comunità Montana che rappresenta l'ente e ne coordina le attività esecutive.